php数据库怎么设计，数据库如何进行相应的版本控制？
提问的有点模糊，因为有两个层面的东西要做。
第一点是数据结构，你可以把sql文件放在版本控制里面。
第二点是数据内容，我知道最新的mariadb10.3，有一个版本功能，可以同时保存历史几个版本的。其他数据库我就不是很清楚，我用的最多就是这个。
编写PHP用什么软件好？
前台页面frontpage dreamweaver都可以，后台PHP可以用eclipse或直接用文本编辑器来写，数据库要看你使用的是什么数据库，mysql一般可以用phpmyadmin，oracle可以用pl/sql或toad网页如果要做的漂亮势必还需要photoshop 和 flash（现在flash已经逐渐被html5取代）
如何去学习php加数据库？
不积跬步无以至千里，别想着急功近利就能学会，结果只会在开发中遇到问题都知道怎么解决。
学习php和mysql百度一下视频、电子书、开源项目，框架都很多了。随便找个教程坚持下去也能学会，但总得来说有以下学习过程吧。
1.学习php的基础知识，变量，字符串操作，数组操作，对象操作，文件操作，session和cookie操作，参数接收$_GET,$_POST,$_REQUEST,$_SERVER请求信息，数据库操作pdo，搞清楚客户端一个请求到服务器返回数据的过程等，就这些简单知识点你就可以搞简单网站一些接口了
2.当前面的都懂了，就可以学习高级点，如:异常处理，反射Reflection，GD库操作（生成验证码，图片水印旋转裁剪等图像操作），phar打包，socket通信，多进程pcntl和posix扩展对进程操作，进程间通信（共享内存sysvshm，shmop，消息队列sysvmsg，信号量sysvsem，信号，socket），如何实现mysql进程池，还有很重要的一个libevent，一个高性能事件通知网络库，很容易实现epoll异步非阻塞模型，可以实现高性能服务器
3.当上面的都了解了，就应该去了解php底层。了解phh底层sapi，zend引擎执行，如何生成opcache，zend虚拟机，gc机制等
而mysql的话首先了解sql语句增删改查，加上各种函数的sql怎么写，各种数据类型tinyint,smallint,int,bigint,float,varcar,char,datetime,time,timestamp,decimal等类型的区别长度等。
然后了解myisam,innodb引擎区别，innodb事务隔离级别之类，mysql索引优化，分库分表，mysql主从复制，mysql集群等。
然后仅仅懂php+mysql是不够的，基本上项目后台是自己搞，必须了解前端技术js+html+css，了解jquery、vue双向绑定等前端框架，也可以了解前端ui框架bootstrap，Element-ui等。还有项目一般部署在linux，起码要了解linux的基础命令，如：rm -rf /而网站发展起来了，你肯定要懂缓存memcache、redis，了解redis的各种类型string，hash，list，set，zset，HyperLogLog，geohash等，发布订阅，持久化AOF和RDB， 缓存穿透缓存雪崩等高并发时缓存可能出现的问题。然后项目再大点，就要懂LVS，HAProxy，nginx等负载均衡，然后redis要分布式部署，怎样通过keepalived+Twemproxy实现redis高可用，如何实现高性能，高可用，高并发，服务器多机房容灾，隔离，限流，降级等架构知识
好吧，说了一大堆，我也不是很懂...
能实现这样的功能吗？
1、PHP框架也是基于原生PHP开发的；
2、框架能实现的，纯PHP都可以实现，只不过会更复杂；
3、框架帮你把一部分东西给写好了[安全啊/数据库啊等等]，你使用的时候直接调用就可以了，所以比较简单。
php与java数据库可以互通吗？
都适合数据库操作。
PHP和MYSQL是黄金搭档，因为两个技术都是免费的。
JAVA喜欢和oracle搭配，可以创建高效的大型应用。
但其实他们搭配任何主流数据库都是可以的。