古代中国的儒家思想不仅根植于中原王朝的统治，还对整个东亚地区产生了巨大的影响，并成为大部分国家统治阶级的思想意识，但自公元三世纪儒学传到日本以后，日本并未向中国那样，将其作为治国思想的根本和人人守护的信念。
直到江户时代，弃佛扬儒的德川幕府大力提高儒学地位，儒家思想才开始逐渐成为占日本统治地位的官方学说，成为了其封建思想的正统组成部分，并逐渐本地化，这其中的感觉有些类似于越南，来源于中国但又有自身特点，并在其发展过程中对国家和社会产生了深刻影响，今天我们探讨的就是这一部分。
由于“兵农分离”的推行，封建阶层的分级逐渐开始，德川幕府为了加强中央集权，也开始强化强化严格的等级身份制度，严格的等级身份制度，但是，由于此前佛教一直处于统治地位，是政府的御用宗教，受此羁绊与束缚，儒学还未能独立发展，直到德川家康统治的江户时代，儒学才受到江户幕府的重视，而被大力提倡。这是由于儒家学说倡导国家统一，主张君臣父子、等人伦关系不可逾越。这是符合统治者的实际需求的。
主张各守本分，反对犯上作乱。因此适合日本统治阶级的需要，受到江户幕府的大力推崇。德川家康本人，十分崇尚儒学。
中国儒学传入日本以后，结合了日本的本土文化进行了发展，主要表现为儒学与日本的神道教、武士道的结合方面。在日本有自己的神道教，自中国儒学传入后，它又吸收了儒家的伦理道德观念和佛教的某些教义，形成了具有天神、地氏和人类较为齐备的学说。
江户时代，吉川惟足和山阁斋分别创立了吉川神道和垂加神道，都把崇拜皇祖神天照大神的神道教义与朱熹的哲学伦理思想和儒学中的封建伦理思想相结合，强调尊皇忠君思想，体现出儒学与神道思想的融合。
日本武士道讲究节义、廉耻、勇武、忠孝。而封建统治者又将其和传统的儒学文化相结合，最终形成了颇具日本特色的武士道。武士的产生伴随着武士道的发展，但把它具体进行伦理化和具体化还是在德川幕府时期。如山鹿素行的《武教小学》、《武教本论》，就是用儒家思想来解释武士道。他认为：君臣上下之间的差别，是天地自然的法则，上下之分，皆是自然之理。与日本神道思想和武士道相结合的儒家文更适合日本的国情和政治需要。
德川幕府时期，从天皇到将军再到各地大名，都提倡儒学教育，连皇室都对儒家经典必读，天皇还命人在宫中讲授《周易》，《中庸》等书，德川家康更是重用儒学大家，如日本儒学大师藤原惺窝的学生林罗山，被德川家康聘为政治顾问，参与幕府机要。
各藩的大名也都纷纷效法，尊儒读经。除此之外，日本各地从官学到私学，从中央到地方，全部推行儒学为主要教育内容，受此影响，日本平民百姓的生活行为准则跟儒学也越来越息息相关。
江户时代，是中华儒家文化对日本渗透的更为全面的时代，在研究儒学的浪潮之下，日本的教育事业得到了空前的发展。同时中国封建体制下的法律制度，也被日本吸收沿用，如充满儒家伦理道德观念的唐律“十恶之罪”，被日本法律所沿用，但是减少两种，称为“八虚”。
日本从公元7世纪至1873年颁行的《改定律例》，其间1200余年，唐朝至清朝的法律均为日本所用，因此，日本的封建法律受儒家思想所影响很深。同时，随着儒学的到来，尊孔和祭孔的相关活动也开始展开，日本的大学及国学每年春秋两次举行祭奠。
德川幕府是日本最后一个封建社会，朝廷通过向日本国民推行儒学中的三纲五常和忠、孝、礼的观念，对民众实行教化。又经过长期的影响与渗透，以儒家学说中的伦理道德观念为基础，结合日本的国情与民情，逐渐形成了日本国民的基本道德观念。直至今日，日本国民仍承袭着儒学中的传统道德观念，表现为强烈的效忠、尽职、自我约束，为公牺牲等信条。可以说儒学是日本现代民族精神的重要精神支柱和思想来源。